Sekretariat mempunyai tugas pokok memberikan pelayanan teknis dan administratif kepada semua unsur di lingkungan Badan dalam melaksanakan pembinaan administrasi yang meliputi perencanaan, ketatausahaan, dokumentasi, informasi, kerumahtanggaan, kepegawaian,  keuangan,  perlengkapan  dan  pengelolaan  barang milik daerah serta pelayanan teknis administrasi kepada Kepala Badan, sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Untuk melaksanakan tugas pokok sebagaimana dimaksud pada ayat (1), Sekretariat menyelenggarakan fungsi:
a. memimpin dan mengkoordinasikan pelaksanaan kegiatan di lingkup Sekretariat yang menjadi tugas dan kewenangannya; 
b. penyusunan rencana dan program kegiatan sekretariat berdasarkan peraturan perundang-undangan dan hasil evaluasi    kegiatan tahun sebelumnya sebagai pedoman pelaksanaan tugas;
c. pembagian tugas bawahan sesuai dengan jabatan dan kompetensinya serta memberikan arahan baik secara lisan maupun    tertulis guna kelancaran pelaksanaan tugas;
d. penyiapan bahan pembinaan, pemantauan, pengendalian dan koordinasi pengelolaan administrasi umum dan kepegawaian,    perencanaan dan keuangan, organisasi,  tata laksana, rumah tangga dinas, serta pengelolaaan barang milik daerah sesuai    peraturan perundang-undangan yang berlaku;

e. menyiapkan bahan usulan, perubahan dan pembahasan Rencana Kerja Anggaran (RKA) dan Dokumen Pelaksanaan Anggaran (DPA);
f. pengkoordinasian dan Penyusunan program pembangunan jangka pendek (RENJA), jangka menengah (RENSTRA) dan jangka    panjang (RPJMD), Indikator Kinerja Utama (IKU), Perjanjian Kinerja (PK) dan jenis dokumen perencanaan lainnya sesuai    dengan ketentuan yang berlaku;
g. penyiapan konsep kebijakan Kepala Badan dan naskah dinas yang berkaitan dengan kegiatan perencanaan, evaluasi,    pelaporan, sistem informasi, keuangan, administrasi umum, kepegawaian dan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala    Badan;
h. pengkoordinasian dan penyusunan laporan pemerintahan meliputi Laporan Analisis Jabatan, Analisis Beban Kerja serta    Sistem Kompetensi Jabatan (SKJ);
i. penyiapan konsep kebijakan Kepala Badan dan naskah dinas yang berkaitan dengan kegiatan perencanaan, evaluasi,    pelaporan, sistem informasi, keuangan, administrasi umum, kepegawaian dan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala    Badan;
j. pengkoordinasian dan penyiapan konsep Laporan Keterangan Pertanggungjawaban Bupati (LKPJ), Laporan Kinerja Instansi    Pemerintah (LKjIP), Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintahan (LAKIP), Evaluasi Kinerja Pembangunan Daerah    (EKPD), Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP), Pengendalian Operasional Kegiatan (POK) dan jenis pelaporan    lainnya sesuai dengan ketentuan yang berlaku;
k. perencanaan, pelaksanaan, pengawasan dan pelaporan penilaian mandiri pelaksanaan Reformasi Birokrasi;
l. penyusunan Standar Operasional Prosedur Pelayanan Publik;
m. pelayanan informasi di bidang Pengelola Keuangan dan Aset Daerah;
n. penyelenggaraan monitoring, evaluasi dan pelaporan badan; dan
o. pelaksanaan  tugas  kedinasan  lain  yang  diberikan  atasan  sesuai ketentuan perundang undangan yang berlaku.

Untuk melaksanakan tugas dan fungsinya sebagaimana dimaksud pada ayat  (1)  dan  (2),  Sekretariat  dipimpin  oleh  seorang  Sekretaris  yang membawahi:
a. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian; dan
b. Kelompok Jabatan Fungsional dan Pelaksana.

Untuk Sub Bagian sebagaimana dimaksud pada ayat (3) huruf a dan huruf b, masing-masing dipimpin oleh seorang Kepala Sub Bagian yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Sekretaris.

Kelompok Jabatan Fungsional dan Pelaksana sebagaimana dimaksud pada ayat (3) huruf c terdiri dari jenis jabatan fungsional keahlian dan keterampilan serta jabatan pelaksana, yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Sekretaris.

Kelompok  Jabatan  Fungsional  sebagaimana  dimaksud  pada  ayat  (5) melaksanakan uraian tugas dan/atau kegiatan jabatan fungsional sesuai peraturan perundangan serta tugas dan/atau kegiatan sekretariat dalam penyelenggaraan tugas dan fungsi Sekretariat sesuai keahlian dan keterampilannya.

Jabatan Pelaksana sebagaimana dimaksud pada ayat (5) terdiri dari jenis jabatan pelaksana sesuai bidang tugas pada Sekretariat.

Jabatan Pelaksana sebagaimana dimaksud pada ayat (7) melaksanakan tugas pelayanan administratif, tugas teknis yang bersifat umum, serta tugas teknis yang bersifat spesifik dalam penyelenggaraan tugas dan fungsi Sekretariat.

Jumlah dan jenis Jabatan Fungsional dan Jabatan Pelaksana ditetapkan berdasarkan analisis jabatan dan analisis beban kerja.